原料植物、乳制品和肉類的發酵是一個動態過程，可以通過控制潛在有害細菌、提高感官特性和健康促進特性來提升食品的質量。但傳統的分離培養方法無法滿足人們探索食物微生物群，表征食品相關微生物群體以改進食品和了解其對人類健康的影響的重要性日益受到重視，但許多這種多樣性仍未被探索。利用體外培養方法與群體水平的分子分型相結合（最初使用16S rRNA基因測序，目前也包括宏基因組學）是全面探索食物微生物群組成和挖掘其基因組潛力的方法。
2024年8月29日，意大利特倫托大學等機構的研究人員在國際頂尖學術期刊 Cell 上發表了題為：Unexplored microbial diversity from 2,500 food metagenomes and links with the human microbiome 的研究論文。這項研究通過對50個國家的2533種不同食物進行宏基因組測序，其中65%是乳制品來源，17%是發酵飲料，5%是發酵肉類。創建了“食物微生物組”（cFMD）數據庫，發現了10899種與食物相關的微生物，這些微生物分為1036種細菌和108種真菌，其中一半是未知物種。此外，進一步探究這些微生物與人類的關系發現，這些食物相關的微生物平均占據了成年人腸道微生物組的約3%，兒童的約8%，而新生兒的則高達56%。
在食物和人類微生物組中普遍存在SGBs重疊
其他要點：
① 該研究該指出相似的食物往往含有相似的微生物類型；
② 一些微生物存在并在甚至完全不同的食物中發揮相似功能；
③ 每個“本地”設施或農場的食物都有獨特的特征，形成區域特色。
局限性：盡管目前了解到食物微生物在人體微生物組中進行傳播，但目前無法精確估計時間，并且受到人際傳播的干擾。即使是方向性也只能通過背景來推測，是否存在劑量依賴性效應仍然是一個懸而未決的問題。此外，檢測到的食物微生物是否真正是腸道微生物群的定殖者，還是僅僅是暫時存在的，還需要進一步研究。可能需要設計干預試驗，將特定發酵食品補充給志愿者，同時對食品和糞便樣本（前期、期間和后期）進行菌株水平分析，以調查傳輸事件及菌株的穩定性和生存性。由于從DNA提取中的潛在偏差到更具挑戰性的MAG重建，真核基因組的宏基因組特征仍然未得到充分重視，而所采用的方法可以成為標準化這些分析的一個步驟。
全文鏈接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)00833-X
來源：微生物安全與健康網，作者~楊玲雙
